1.管理制度方式不同。民办本科可以切身的根据自己的情况来制定适合自己学校情况的制度和管理方式。公办本科由国家统一管理。
2.经费和学费不同。公办本科的经费一般由国家拨付，学费一般低于民办本科。民办本科的经费一般来自个人，民办本科的学费一般较高。一般情况下(特殊院校、专业除外)公办本科院校学费在4000-6000元/年之间;民办本科院校学费在16000-20000元/年之间;独立学院学费在16000-18000元/年之间。
3.办学主体不同。公办院校和民办院校的根本性的区别在于办学主体的不同。公办学校的办学主体是当地政府，属于国家管辖﹔民办学校的办学主体是个人或者民营企业。
4.师资力量不同。公办院校和民办院校在师资引进最根本区别就是公办院校可以为教师提供教师编制,这是由本身性质决定的。因为公办学校是属于国有事业单位，所以在教师编制和各项福利待遇(五险—金，补贴等)公办院校有着得天独厚的优势。但是民办高校不能为教师提供一个编制,所以对于民办高校要想引进有实力的教师需要比公办院校付出更多资金和福利。
